內毒素強烈影響DNA轉染到原代細胞和敏感的培養細胞中，并且增加的內毒素水平導致轉染效率急劇降低。此外，使用不含內毒素的質粒DNA用于基因治療是極其重要的，因為內毒素可引起動物和人發燒、內毒素性休克綜合征和補體級聯的活化。內毒素還通過激活非特異性免疫應答，干擾體外轉染到巨噬細胞、B細胞等免疫細胞中。這些反應包括免疫介質如IL-1和前列腺素的誘導合成。確保塑料制品、培養基、血清和質粒DNA沒有LPS污染，避免誤導實驗結果。

內毒素測定方法

    經典的內毒素測定基于內毒素與鱟變形細胞中的可凝結蛋白之間的凝血反應。現在可使用更靈敏的光度測定（例如，來自BioWhittaker,Inc的Kinetic-QCL Test），其基于鱟變形細胞溶胞產物（LAL）和合成的產生顏色的底物。LPS污染通常以內毒素單位（EU）表示。通，1ng LPS對應于1-10EU。

內毒素去除

   如今，內毒素的去除都會使用商業化的試劑盒。一般利用多粘菌素B（polymixin B ）連接到瓊脂糖微球上，進行特異性去除內毒素。多粘菌素B可通過靜電作用、離子作用、親水作用和分子之間的相互作用等多種因素吸附內毒素，從而達到內毒素去除的目的。

   在內毒素去除過程中，我們要切記使用不含內毒素的塑料制品和玻璃器皿。為了避免在初始內毒素去除后對質粒DNA的再污染，建議僅使用經認證無熱原或無內毒素的新塑料制品。無內毒素或無熱原的塑料制品可以從許多不同的供應商處獲得。內毒素強烈粘附于玻璃器皿，并且在洗滌期間難以*除去。標準實驗室高壓滅菌方法對內毒素水平幾乎沒有或沒有影響。此外，如果高壓鍋先前已用于細菌，則玻璃器皿將被內毒素分子廣泛污染。180°C加熱玻璃器皿可破壞任何附加的內毒素分子。重要的是不要通過使用含內毒素的試劑純化無內毒素DNA，所有緩沖液都需要無內毒素。